মহান মুক্তিযুদ্ধের চেতনায় বাঙ্গালী জাতীয়তাবাদের ভিত্তিতে একটি অসম্প্রদায়িক গণতান্ত্রিক সমাজ ও রাষ্ট্রব্যবস্থা গড়ে তোলার লক্ষ্যকে সামনে রেখে বেকারত্ব দূরীকরণ, দারিদ্র্য বিমোচন, শিক্ষা সম্প্রসারণ ও আত্মনির্ভরশীল অর্থনীতি গড়ে তোলা এবং হতদরিদ্র মৎস্যজীবীসহ সমাজের পশ্চাৎপদ সকল শ্রেণী-পেশার মানুষের ন্যায্য অধিকারসমূহ প্রতিষ্ঠার লক্ষ্যে এই সংগঠন কাজ করবে। এই লক্ষ্য বাস্তবায়নের জন্য দেশের সকল শ্রেণী ও পেশার মানুষের মধ্য থেকে স্বাধীনতা ও প্রগতিকামী নাগরিকদের ঐক্যবদ্ধ করে তাদের রাজনৈতিক শিক্ষায় শিক্ষিত করে একটি সুশৃংখল রাজনৈতিক সংগঠন গড়ে তোলাই বাংলাদেশ আওয়ামী মৎস্যজীবী লীগ'র উদ্দেশ্য। এ ছাড়াও মৎস্যজীবী সম্প্রদায় ও মৎস্যখাতের বিপুল সম্ভাবনাকে কাজে লাগানের জন্য কাজ করে যাবে।